A pesar de ser un museo poco visitado, lo cierto es que se trata de una de las instituciones madrileñas más importantes y más antiguas del mundo artístico (fue fundada en 1794). Su ecléctica colección está compuesta en parte de obras de diversa calidad, donadas por los aspirantes a miembros de la Real Academia con el fin de obtener la admisión. Grandes posesiones del Museo de la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando, sin embargo, son sus 13 obras de Goya, que fue una figura importante en los primeros años de la Academia. Entre estas, hay dos grandes autorretratos; un retrato de su amigo el dramaturgo Moratín; un retrato del odiado ministro de Carlos IV, Godoy; y el Entierro de la Sardina, una escena de carnaval que prefigura sus posteriores obras más oscuras.
Otra de las posesiones más preciadas de la Academia es la Primavera del manieriesta italiano Giuseppe Arcimboldo, un retrato surrealista de un hombre compuesto en su totalidad por flores, el único cuadro que hay del pintor en España. La institución también acoge importantes retratos de Velázquez y Rubens, y varias pinturas de Zurbarán. Entre las últimas obras, las más conocidas son algunos grabados de Picasso y un Juan Gris. Las más sorprendentes, las fantasías de colores de Múñoz Degrain y el trabajo de De Chirico. No te pierdas tampoco la magnífica La Riva degli Schiavoni de Leandro Bassano.
La Academia cuenta asimismo con una valiosa colección de libros raros, planos y dibujos, incluidos los del arquitecto del Prado, Juan de Villanueva. En el mismo edificio se encuentra la Calcografía Nacional, una colección de valor incalculable (una de las más importantes del mundo) con planchas grabadas por los más significativos artistas españoles, entre ellas muchas de las placas originales para la gran serie de grabados de Goya, obras cumbres de la historia universal del grabado.